فراوانی آثار تولید شده، ضرورت عرضه هر چه سریع‌تر و تأکید بر کیفیت متناسب آثار و سرعت بخشیدن به انتشار و عرضه آثار پژوهشکده‌ها و واحدهای پژوهشی، مسئولان پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی را بر آن داشت تا نشر پژوهشگاه را تأسیس کنند. بدین ترتیب از سال 1384 این بخش عهده‌دار اختصاصی چاپ و نشر دستاوردهای علمی و پژوهشی تخصصی پژوهشگاه شد. نشر پژوهشگاه از بدو تأسیس تاکنون، تعداد 300 عنوان کتاب، در موضوعات تخصصی و با استانداردهای علمی عرضه کرده است که حاصل فعالیت علمی پژوهشکده‌ها و گروه­های پژوهشی پژوهشگاه است. شایان ذکر است، نشر پژوهشگاه در سال 1386 در نهمین و سال 1391 در چهاردهمین همایش کتاب سال حوزه، ناشر برگزیده سال حوزه در سال 1388 ناشر برتر نمایشگاه بین‌المللی قرآن کریم معرفی شده و تاکنون دارای بیش از 60 اثر برگزیده از جشنواره‌ها است.