پژوهش در علوم انسانی به منظور شناخت، برنامهریزی و ضبط و مهار پدیدههای انسانی در راستای سعادت واقعی بشر ضرورتی انکارناپذیر و استفاده از عقل و آموزههای وحیانی در کنار دادههای تجربی و در نظر گرفتن واقعیتهای عینی و فرهنگ و ارزشهای اصیل جوامع، شرط اساسی پویایی، واقعنمایی و کارایی اینگونه پژوهشها در هر جامعه است.
پژوهش کارآمد در جامعه ایران اسلامی در گرو شناخت واقعیتهای جامعه از یک سو واسلام به عنوان متقنترین آموزههای وحیانی و اساسیترین مؤلّفه فرهنگ ایرانی ازسوی دیگر است؛ از اینرو، آگاهی دقیق و عمیق از معارف اسلامی و بهرهگیری از آن در پژوهش، بازنگری و بومیسازی مبانی و مسایل علوم انسانی از جایگاه ویژهای برخوردار است.
توجه به این حقیقت راهبردی از سوی امام خمینی(ره) بنیانگذار جمهوری اسلامی، زمینه شکلگیری دفتر همکاری حوزه و دانشگاه را در سال 1361 فراهم ساخت و با راهنمایی و عنایت ایشان و همت اساتید حوزه و دانشگاه، این نهاد علمی شکل گرفت. تجربه موفق این نهاد، زمینه را برای گسترش فعالیتهای آن فراهم آورد و با تصویب شورای گسترش آموزش عالی در سال 1377 «پژوهشکده حوزه و دانشگاه» تأسیس شد و در سال 1382 به «مؤسسه پژوهشی حوزه و دانشگاه» و سال 1383 به «پژوهشگاه حوزه و دانشگاه» ارتقا یافت.