مهم ترین مسئله ای که در مبحث خداشناسی، پس از اثبات ذات باری تعالی، مطرح می شود، مسئله توحید و یگانگی آن ذات مقدس است. از این رو، قرآن کریم بر آگاهی تحقیقی روی این مسئله بسیار تأکید کرده و به پیامبرش چنین دستور می دهد: ﴿فَاعْلَمْ أَنَّهُ لا إِلهَ إِلاَّ اللَّهُ ﴾. روایات نیز پس از معرفت به وجود حق تعالی، اصل و ریشه را مسئله توحید دانسته اند؛ امام رضا ( ع ) در این باره می فرماید:
﴿اول عِبَادَةِ اللَّهِ مَعْرِفَتُهُ وَ أَصْلُ مَعْرِفَةِ اللَّهِ تَوْحِیدُهُ ﴾ ؛﴿نخستین گامِ پرستش خدا، شناخت اوست و پایه شناخت خدا یگانگی اوست. ﴾
فلسفه اسلامی همین مسیر را پیموده است. منتها به نظر می رسد در ابتدای راه، توفیق چندانی در ارائه بحث نداشته است؛ اما هر چه زمان می گذشت با سبک و سیاقی خاص، طرح مباحث توحید صورت می گرفت، تا این که در قرن یازدهم، با ظهور حکمت متعالیه ملاصدرای شیرازی، روندبحث تغییر کرد. وی با توجه به اصل اصالت وجود و مسائل متفرع بر آن، و هم چنین با استعانت از قرآن و سنت در نوشته های فلسفی، تفسیر قرآن و شرح اصول کافی، مطالبی بس عمیق را درباره مباحث الهیات بالمعنی الأخص و مبحث توحید، پیش روی آیندگان قرار داد.