در این مجموعه از نسخه های نفیسی در تصحیح و تحقیق رساله ها و کتب استفاده شده است که برخی از آنها به دست خط خود شهید ثانی نوشته شده است. مجموعه آثار شهید ثانی توسط مرکز احیای آثار اسلامی پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی تحقیق و منتشر گردیده است و فقط جلد اول (المدخل = الشهیدالثانی حیاته و آثاره) و آخر (فهارس) آن باقی مانده است. در این مجموعه از نسخه های نفیسی در تصحیح و تحقیق رساله ها و کتب استفاده شده است که برخی از آنها به دست خط خود شهید ثانی نوشته شده است.